非淋菌性尿道炎的潜伏期一般为1~3周，发病较缓慢，而且相当部分的患者症状不明显，往往被忽略了，合并淋病时病情易被淋病的症状掩盖，给诊治上带来了很大的困难。

一、临床表现
 
　　1.男性患者自觉尿道口刺痒、有烧灼感，尿道口红肿充血、尿频、尿急、有时有轻度排尿困难，如在较长时间不排尿，或晨起时尿道口有水样或稀薄粘液流出。有时尿道口有一层痂皮似的薄膜“封口”，或者内裤上有污秽物，有些病人无尿道分泌物或者分泌量很少，需用力挤压阴茎才有分泌物从尿道口溢出。检查时尿道口的炎症性水肿为主。同性恋患者则会引起直肠炎肛门灼热，有粘液分泌物。

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    还有些病人可无任何症状，由于发病缓慢，症状不典型，加之衣原体感染与其他病原所致泌尿系感染十分相象，白细胞不高，体温正常，致使此类病人至少有60%以上初诊时被误诊。
 
　　2.女性患者表现为白带增多、阴道红肿、子宫颈糜烂或有子宫颈炎并有少量分泌物，有的患者有轻微尿痛而无分泌物，还有些患者伴有腰疼但无任何其他症状。80%的患者为无症状带菌者。
 
    3.新生儿感染  新生儿经母亲产道分娩时可感染沙眼衣原体或解脲支原体，引起结膜炎或肺炎。有报道，婴儿6个月以内肺炎中有30%~40%是由衣原体感染而引起，表现为强力犬吠状咳嗽，起病缓慢、低热或不发热，青霉素、磺胺药治疗无效或疗效不显。